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昆明植物所在杜鵑花屬數據庫的構建上取得進展

  杜鵑花泛指杜鵑花科 (Ericaceae) 杜鵑花屬 (Rhododendron L.) 植物。杜鵑花屬物種極其豐富,全世界杜鵑花屬植物超過 1000 種。杜鵑花屬植物因具有極高的觀賞和藥用價值而聞名,在世界各地得到廣泛栽培,已有幾百年的歷史。隨著測序技術的進步,杜鵑花屬成員的基因組和轉錄組及其他多組學數據已經被測序并由世界各地不同的實驗室相繼公布,為杜鵑的遺傳育種奠定了堅實的基礎。我國作為杜鵑花分布的中心之一,其中第一個測序發表的杜鵑基因組便是由云南省花卉所發布的馬纓杜鵑(R. delavayi)。隨著多組學數據的不斷增加,為了有效地存儲、整合和分析這些大規模的數據集,保證數據的一致性、獨立性和可維護性,亟待建立一個綜合性的整合分析平臺。

  近日,由昆明植物研究所植物基因組演化與基因功能發掘團隊章成君課題組構建的一個杜鵑花屬數據庫RPGD(Rhododendron Plant Genome Database, http://bioinfor.kib.ac.cn/RPGD/)已經發布。其整合了來自杜鵑花屬已測序發表的三個基因組數據,馬纓杜鵑、圓葉杜鵑(R. williamsianum)和映山紅(R. simsii)若干轉錄組數據和葉綠體基因組數據,并使用多種軟件流程對這些數據進行詳盡的分析。得到了包括功能注釋,基因表達譜,基因家族,轉錄因子,同源基因,簡單序列重復等數據。該數據庫平臺基于LAMP框架和已分析得到的眾多數據,構建了搜索引擎和許多實用的工具,包括 BLAST、JBrowse、同源基因、基因組共線性瀏覽器、兩側序列瀏覽器、表達量熱圖繪制、富集分析和批量下載等。這些工具將會為那些缺乏生物信息經驗的課題組提供一個有效的分析手段。未來RPGD還會不斷的更新數據,并且發新的功能模塊,將為所有從事杜鵑花研究的人員提供了一個全面的、有極大幫助的平臺。相信 RPGD 將成為杜鵑花屬研究中不可或缺的重要工具。

   RPGD數據庫以題名The Rhododendron Plant Genome Database (RPGD): a comprehensive online omics database for Rhododendron發表在BMC Genomics上。上述研究成果,由國家自然科學基金(31760231)、國際花卉技術創新中心建設及成果產業化(2019ZG006)、科技領軍人才培養(2016HA005)、國家自然科學基金青年項目(32000180)等科研基金的資助。昆明植物所碩士研究生劉寧雅文為該論文的第一作者,云南省農科院花卉所王繼華研究員與昆明植物研究所章成君研究員為共同通訊作者。

  文章鏈接 

   

Fig 1. Screenshots of online tools page 

   

Fig 2. Genome synteny viewer

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